2026년 세제개편안이 정기국회에 제출되면서 통합고용세액공제가 대기업을 대상에서 빼고, 고용을 오래 유지할수록 공제액이 커지는 연차별 차등 구조로 바뀔 예정이어서 신규 채용을 앞둔 중소기업이라면 미리 확인해둘 필요가 있다.
사람을 새로 뽑을 때마다 세금 혜택을 챙겨왔다면, 내년부터는 그 계산법이 달라진다는 소식을 알아둘 필요가 있다. 기획재정부는 지난 8월 3일 세제발전심의위원회를 거쳐 2026년 세제개편안을 발표했고, 이 개편안은 8월 4일부터 20일까지 입법예고를 거쳐 9월 1일 국무회의에 상정된 뒤 정기국회에 제출됐다. 그 안에 담긴 통합고용세액공제 개편이 채용 계획을 세우는 중소기업 입장에서는 눈여겨볼 대목이다.
통합고용세액공제는 원래 상시근로자 수가 전년보다 늘어난 기업에 그 증가 인원만큼 세액공제를 해주는 제도로, 여러 갈래였던 고용 관련 세액공제를 하나로 합쳐 만들어졌다. 이번 개편에서는 적용 대상에서 대기업을 제외해 중소·중견기업 중심으로 좁히고, 육아휴직 복귀자에 대한 추가공제는 적용 기한을 종료하는 방향으로 다듬어졌다.
가장 눈에 띄는 변화는 공제액 산정 방식이다. 기존에는 고용 증가 인원 1인당 정해진 단일 금액(최대 1,550만원)을 공제해줬다면, 개편안은 채용 후 1년차, 2년차, 3년차로 갈수록 공제액이 커지는 연차별 차등 구조로 바뀐다. 즉 뽑고 나서 얼마나 오래 그 인원을 유지하느냐에 따라 받는 혜택이 달라지는 셈이다. 특히 지방에 소재한 중소기업이 청년이나 경력단절 근로자 같은 우대 대상을 고용해 3년째 유지하는 경우, 1인당 공제액이 최대 2,000만원까지 늘어나는 것으로 알려져 있다. 이 제도는 2026년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 신청하는 분부터 적용될 예정이다.
중소기업 대표 입장에서 이번 개편에서 실질적으로 가장 크게 체감할 부분은 공제액 상향보다 오히려 사후관리 방식의 변화일 수 있다. 기존에는 공제를 받은 뒤 고용 인원이 줄어들면 이미 받은 공제 전체를 다시 토해내는 ‘추징’ 방식이어서, 경기가 안 좋아지거나 불가피하게 인력을 조정해야 할 상황이 오면 오히려 세액공제가 부메랑처럼 돌아올 수 있다는 부담이 있었다. 이번 개편으로는 이 방식이 ‘감소분에 한정해 공제를 배제’하는 구조로 완화된다. 쉽게 말해 10명을 채용해 공제를 받았다가 이후 2명이 퇴사해도, 전체 공제를 반납하는 게 아니라 그 2명분만 공제에서 빠지는 식이다. 채용을 늘리는 결정 자체가 이전보다 훨씬 부담이 덜한 선택이 되는 셈이라, 인력 운용에 보수적이었던 중소기업이라면 이 변화만으로도 신규 채용을 다시 검토해볼 만하다.
다만 혜택이 커진 만큼 조건도 함께 따져봐야 한다. 개편안에서는 전체 증가 인원이 아니라 ‘최소고용증가인원’을 초과하는 분에 대해서만 공제가 적용되는 것으로 정리되고 있어, 소규모로 한두 명만 채용하는 경우라면 실제 공제 혜택이 기대와 다를 수 있다. 또한 고용유지 의무 기간이 중소·중견기업은 3년으로 설정되는 만큼, 단기 계약직이나 잦은 이직이 예상되는 직무보다는 장기 근속을 전제로 한 채용에 이 제도의 이점이 더 크게 작용한다.
중소기업 입장에서 이 개편이 중요한 이유는 단순하다. 채용을 한 번 하고 끝내는 것이 아니라 오래 유지하는 쪽으로 유인을 설계했기 때문에, 인력 운용 계획을 세울 때 ‘몇 명을 뽑을까’뿐 아니라 ‘이 인력을 몇 년 유지할 계획인가’까지 함께 따져야 실제 공제 혜택을 온전히 받을 수 있다. 특히 지방에 사업장을 둔 회사라면 우대 폭이 커지는 만큼 채용 시점과 인력 유지 계획을 미리 정리해두는 편이 유리하다.
앞서 다룬 최저임금 인상으로 인건비 부담이 늘어나는 상황에서, 신규 채용을 계획 중인 회사라면 이 공제를 인건비 부담을 상쇄하는 카드 중 하나로 함께 검토할 만하다. 실무적으로는 법인세·종합소득세 신고 시 국세청 홈택스를 통해 신청하며, 근로소득원천징수영수증과 4대보험 가입 내역, 채용 증빙자료 등을 준비해야 한다. 세무대리인을 통해 신청하는 경우가 많지만 직접 신청도 가능한 만큼, 자체적으로 인사·회계를 관리하는 소규모 사업장이라면 미리 서류 체계를 정비해두는 것도 도움이 된다. 다만 법안이 아직 국회 심의를 통과하기 전 단계이므로 세부 요건과 공제액이 최종안에서 조정될 가능성이 있다는 점은 감안해야 한다.
새로 채용을 준비 중이거나 최근 인원을 늘린 회사라면 지금부터 관련 공고 흐름을 지켜보면서 법안 통과 여부와 시행령 세부 내용을 확인해두는 것이 좋다. 실제 적용 요건이나 공제액 계산은 사업장 소재지, 근로자 유형, 유지 기간에 따라 달라질 수 있는 만큼, 구체적인 판단은 세무사나 관할 세무서를 통해 확인하는 것이 안전하다.